我在香港开房、大陆公安系统有记录吗？

这个应该是不会有记录的，因为你没有存在在一个地方。应该是查询不到。处在其他地方的一些记录的。

在外地刷脸开房 本地公安局查询记录吗？

目前入住宾馆办理登记的话，是会在宾馆入住登记系统众联网存在的，只要有相应的权限，在本地也可以查询相关记录的