黑客帝国的真实世界是不是就是他们开着战舰的世界？那在这个世界里，是谁用那些章鱼在攻击他们

不是，开着战舰的世界仍然是建筑师也就是主控电脑所构建的虚拟世界。

在第3部里说的很清楚了，总有一些人不甘于沉浸于虚拟世界，像是墨菲斯啊，三一啊，他们认为虚拟世界是机器控制了人类，他们要反抗，要推翻虚拟世界的现状。为了控制这种不安因素，主控电脑在虚拟世界里创建了矩阵。一个大的虚拟世界，里面套了一个小的虚拟矩阵世界。你们不是要反抗吗？那就给你们一个可以反抗的世界。在这个世界里恶梦成真，机器把人当劲量电池来用，地球上只剩废墟和无尽阴云，机器章鱼穿行下水道猎杀一切反抗者。