少女咖啡枪中的萌之屋有什么用？

“萌之屋”是一间毫不起眼的小咖啡馆，坐落在S市一条偏僻的小街。几年前一名普通少年A通过网络结识了“萌之屋”的老板旦塔林，他们同样狂热于军事科学和动漫。

那时少年A希望改变枯燥的学校生活，而旦塔林正需要一个帮手，两人一拍即合。A一升上高中，便利用自由时间到“萌之屋”打工，并和旦塔林一起在被改造成紧急避难所的咖啡馆地下室进行各种靠谱或不靠谱的自由实验。

紧急避难所是和旦塔林交好的洛可可父亲出资赞助建成的。“大爆发”后，咖啡馆意外地成为了合适的作战基地。出于种种考虑，“萌之屋”咖啡馆继续正常营业充当掩护，实际上地下那个具有怪物及军械研究、作战指挥和福利。